Я, как радиомеханик (телемастер в прошлом) вот что думаю. Если аккумы стоят в последовательной цепи и неравномерно разряжаются, то дело в их неодинаковых характеристиках. В первую очередь ёмкость и внутреннее сопротивление. Сомневаюсь, что балансир для зарядки, использующий средний отвод в цепи, каким-то образом программно влияет на равномерный разряд. Допускаю отчасти, что аппаратно может быть не симметрично организованы соединения с каждым аккумом - длина/толщина проводов. По аналогии, сравните с высоковольтными проводами зажигания в ДВС автомобилей, или трубками от ТНВД к форсункам в дизелях. Там все точно, а здесь может быть допущена слабинка, почему нет.
- - - Добавлено - - -
Так же, нельзя быть уверенным в точности контроллера напряжения на аккумах, если уж он постоянно показывает, что в одном слоте больше/меньше, чем в другом. Надо попробовать измерять внешним авометром, извлекая батареи из слотов. Промаркировать их, на то пошло, и сравнивать, периодически меняя местами.